Mårup Kirke var en kirke i Mårup Sogn i Hjørring Kommune. Kirken lå på Lønstrup Klint, en ca. 15 km lang kystskrænt mellem Lønstrup og Løkken. Den blev opført i 1200-tallet.
Den 24. marts 2008 blev kirken brugt for sidste gang til gudstjeneste i forbindelse med gudstjenesten 2. påskedag
Mårup Kirke blev i 1987 anvendt som lokation under optagelserne til Gabriel Axels Oscar-belønnede film Babettes gæstebud, baseret på Karen Blixens fortælling af samme navn.
Skibsankeret foran kirken stammer fra den engelske fregat "The Crescent", som på vej til Gøteborg med forsyninger til den engelske flåde forliste ud for Maarup den 6. december 1808. Ved forliset døde 226 besætningsmedlemmer, og de blev alle begravet i en fællesgrav på kirkegården. Syv officerer og 55 matroser overlevede.
Foruden "The Crescent" forliste to andre engelske skibe – "St. George" og "Defence" – længere nede langs vestkysten nogle år senere. Det engelske Marineministerium opsatte derfor i 1895 en mindetavle i Maarup Kirke over de tre forliste skibe.
Da Lønstrup Kirke var blevet opført i 1928, ophørte Mårup Kirke med at blive brugt som sognekirke. Den blev herefter vedligeholdt som fredet minde af Naturstyrelsen. Havet åd sig dog ind i klinten og kom derved gradvis tættere på kirken, hvilket skabte frygt for at kirken ville styrte i havet fra den 70 meter høje klint.
Efter flere års diskussioner om kirkens skæbne og forsøg på at sikre kirken besluttede kirkens ejer, Naturstyrelsen, 27. november 2007 en trinvis nedtagning af kirken. I 2008 fjernede man kirkens blytag og det øverste af murene. Over de næste år, frem til d. 18. september 2015, hvor den sidste sten fra kirkens fundament blev nedtaget, blev kirken omhyggeligt taget ned under kyndig ledsagelse af eksperter fra Nationalmuseet.
Gennem de første år af nedtagelsen, blev alt materiale fra kirken gemt, og opbevaret i en lagerbygning i Hjørring, med henblik på at donere materialet til en evt. genopførelse på en sikker lokation, såfremt lokale velgørere ville finansiere et sådant projekt.
I efteråret 2015 fandt man en barnegrav under alteret, efter kirken var blevet helt fjernet. Arkæologer betragtede fundet som spændende, da det ikke er normalt at finde børn begravet under alteret. Det har sandsynligvis været et barn af en rig familie.
