Godset blev bygget i 1545-47 af adelsmanden og rigsråden Jørgen Lykke, der blev kaldt »Danmarks Sidste Ridder«. Slægten Lykke besad godset indtil 1661, hvor det blev købt af generalløjtnant Friederich von Arenstorff, hvis efterkommere først skilte sig af med Overgaard Gods i 1910. Her solgte slægten Arenstorff godset til hofjægermester Adolf Frederik Holten Castenschiold, der underkastede Overgaard en gennemgribende og tiltrængt renovering.
Fra 1938-1981 blev Overgaard Gods ejet af den kendte modstandsmand Flemming Juncker. Han udvidede godsets jorder med ca. 1.000 hektar gennem landvindinger, dels fra Mariager Fjord, dels fra Kattegat.
Peter Andersen, der overtog godset i 1984, har siden løbende renoveret og moderniseret godset til dets nuværende niveau.
